Theo điều tra ban đầu của cơ quan Công an, Công ty TNHH xây dựng và Thương mại Tân Hải do Nguyễn Xuân Phượng làm Giám đốc được UBND tỉnh Thanh Hóa cấp Giấy phép khai thác khoáng sản và thuê đất số 208/GP-UBND ngày 27/5/2017 để khai thác đá vôi làm vật liệu xây dựng thông thường, với diện tích mỏ là 30.480 m2, trữ lượng khai thác là 355.200 m3; công suất khai thác 12.000 m3/năm; thời hạn khai thác là 30 năm.
Trong quá trình khai thác, Công ty TNHH Xây dựng và Thương mại Tân Hải có văn bản đề nghị xin cấp phép mở rộng.
Ngày 28/9/2017, UBND tỉnh Thanh Hóa cấp Giấy phép thăm dò khoáng sản số 370/GP-UBND, cho phép Công ty được thăm dò khoáng sản trên diện tích 2,76 ha tại hang Lòn, xã Hà Tân.
Sau khi thăm dò trữ lượng khoáng sản, mặc dù UBND tỉnh Thanh Hóa đã có Công văn số 4407/UBND-CN ngày 6/4/2021 về việc chưa chấp thuận chủ trương đầu tư dự án khai thác mở rộng, nâng công suất mỏ đá vôi làm vật liệu xây dựng thông thường tại xã Hà Tân, nhưng Công ty TNHH Xây dựng và Thương mại Tân Hải vẫn tổ chức khai thác đá ở khu vực này.
Nguyễn Xuân Phượng đã chỉ đạo Nguyễn Minh Hải chỉ huy nổ mìn cùng với công nhân khai thác đá vôi tại khu mỏ mở rộng chưa được cấp phép nổ mìn khai thác đá trái phép với tổng khối lượng 480.617,9 m3, trị giá khoáng sản theo quy định giá tính thuế sau nổ mìn, đá xô bồ của UBND tỉnh Thanh Hóa là hơn 33,6 tỷ đồng.
Hiện vụ án đang tiếp tục được cơ quan Công an điều tra làm rõ.