Trường PTDT Nội trú THCS Quỳ Châu được UBND tỉnh Nghệ An ra quyết định thành lập vào ngày 1/8/2012. Từ năm 2012 - 2016 là chặng đầu nhiều gian khó, thử thách. Nhà trường vừa từng bước củng cố đội ngũ cán bộ, giáo viên, nhân viên, vừa tuyển sinh để trường đủ quy mô 12 lớp học. Suốt 4 năm liền với muôn vàn gian khó, đường sá đi lại không thuận lợi, ký túc xá chật chội, thiếu nước sinh hoạt… Chính trong quãng thời gian với đầy những thử thách ấy, các thầy cô giáo đã dạy dỗ, chăm sóc các em học sinh DTTS không chỉ bằng trách nhiệm, mà còn là bằng tình như những người cha người mẹ với những đứa con của mình.
Ngày 10/5/2017, Trường PTDT Nội trú THCS Quỳ Châu được Sở Giáo dục và Đào tạo Nghệ An chuyển giao cho UBND huyện Quỳ Châu quản lý. Lịch sử hình thành, dựng xây và phát triển của nhà trường lại bước sang một giai đoạn mới. Trường PTDT Nội trú THCS Quỳ Châu cùng phấn đấu, cùng thi đua với hệ thống các trường THCS trong toàn huyện. Trong bối cảnh mới, với nhiều thay đổi, Nhà trường vẫn khẳng định được những giá trị riêng và có đóng góp ngày càng quan trọng đối với sự nghiệp giáo dục của huyện. Đặc biệt là sự nghiệp giáo dục đối với học sinh vùng đồng bào DTTS.
Suốt 10 năm qua, bằng tinh thần đoàn kết và sự phấn đấu bền bỉ, thầy và trò nhà trường đã gặt hái được những thành tích rất đáng ghi nhận. Một hành trình mà ở đó, mỗi nhà giáo đã chứng tỏ lòng yêu nghề, yêu trò, say sưa với các hoạt động chuyên môn. Tính đến hết năm học 2021 - 2022, có 25 lượt giáo viên đạt Chiến sĩ thi đua cấp cơ sở, 7 giáo viên đạt Giáo viên dạy giỏi cấp tỉnh, 10 giáo viên đạt Giáo viên dạy giỏi cấp huyện.
Cùng với đó, bề dày truyền thống hiếu học, học giỏi đối với học sinh người đồng bào DTTS ở huyện Quỳ Châu không ngừng được bồi đắp. Nhà trường đã có 51 lượt học sinh DTTS đã đạt giỏi trong các kì thi cấp tỉnh; 1.230 lượt học sinh giỏi cấp huyện. Phong trào hoạt động ngoại khóa phát triển mạnh, góp phần làm cho học sinh DTTS tự tin hơn trên chặng đường vươn lên trong cuộc sống. Trong cuộc thi hát dân ca ví dặm Nghệ Tĩnh, Nhà trường đã dành được 2 giải; đứng đầu cấp THCS trong cuộc thi kể chuyện Bác Hồ cấp huyện.
Cùng với việc tạo nên bề dày thành tích, các thế hệ thầy và trò Nhà trường đã góp phần xây dựng nên những giá trị truyền thống quý giá. Trong từng giai đoạn, hoàn cảnh khác nhau, Nhà trường luôn duy trì được khối đoàn kết, thống nhất cao. Cùng chung tay với các đơn vị trường học trên địa bàn huyện đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao cho huyện vùng cao Quỳ Châu.
Nhân ngày Nhà giáo Việt Nam và Kỷ niệm 10 năm ngày thành lập trường, cô Hoàng Thị Nguyệt Anh - Hiệu trưởng Nhà trường gửi lời tri ân đến các thế hệ nhà giáo đã và đang công tác tại Trường PTDT Nội trú THCS Quỳ Châu qua các thời kỳ. Đồng thời, cô cũng chia sẻ quyết tâm của Ban Giám hiệu, đội ngũ giáo viên Nhà trường luôn trau dồi chuyên môn nghiệp vụ để nâng cao hơn nữa chất lượng giáo dục. Đồng hành cùng các em học sinh người đồng bào DTTS trên suốt chặng đường học tập, vươn tới tương lai.