28 bị cáo trong vụ án Công ty CP Quản lý đường sông số 3 bị truy tố về các tội danh Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”; “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”; “Nhận hối lộ”; "Mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách nhà nước”, “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”. Phần lớn bị cáo phạm tội Lừa đảo chiếm đoạt tài sản, trong đó bị cáo Phạm Văn Phả - Chủ tịch HĐQT Công ty CP Quản lý đường sông 3 giữ vai trò chính, chiếm đoạt tài sản số tiền đặc biệt lớn. Cựu Chủ tịch UBND Tp. Hạ Long Phạm Hồng Hà bị truy tố 2 tội danh “Tham ô tài sản” và tội “Nhận hối lộ”.
Tại các phiên xét xử, các bị cáo đã thừa nhận hành vi vi phạm và chủ động khắc phục hậu quả với tổng số tiền nộp là hơn 7,6 tỷ đồng. Trong đó cựu Chủ tịch UBND Tp. Hạ Long, Phạm Hồng Hà nộp 2 tỷ đồng tiền khắc phục hậu quả.
Tòa án nhân dân tỉnh Quảng Ninh tuyên án các bị cáo cụ thể như sau: Cựu Chủ tịch UBND Tp. Hạ Long Phạm Hồng Hà nhận mức án 15 năm tù tội "tham ô tài sản" và "nhận hối lộ"; Phạm Văn Phả - Chủ tịch HĐQT và Đỗ Công Hào - Giám đốc Công ty CP Quản lý đường sông số 3 cùng chung mức án 30 năm tù; Phạm Văn Chinh (Phó Giám đốc) - 19 năm, Ngô Thị Thu Lư (Phó Giám đốc) 27 năm tù.