Theo đó, Ban Quản lý Khu kinh tế tỉnh Lai Châu là cơ quan trực thuộc UBND tỉnh Lai Châu, thực hiện chức năng quản lý nhà nước trực tiếp đối với các khu kinh tế (bao gồm khu kinh tế cửa khẩu), khu công nghiệp trên địa bàn tỉnh. Quản lý và tổ chức thực hiện chức năng cung ứng dịch vụ hành chính công và dịch vụ hỗ trợ khác có liên quan đến hoạt động đầu tư và sản xuất, kinh doanh cho doanh nghiệp trong các khu kinh tế (bao gồm khu kinh tế cửa khẩu), khu công nghiệp. Thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan chuyên môn trực thuộc UBND tỉnh theo quy định của pháp luật.

Ban Quản lý Khu kinh tế tỉnh Lai Châu có tư cách pháp nhân, có tài khoản, con dấu; kinh phí quản lý hành chính nhà nước, kinh phí hoạt động và vốn đầu tư phát triển do ngân sách nhà nước cấp theo kế hoạch và nguồn kinh phí khác theo quy định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

Bên cạnh đó, Ban Quản lý Khu kinh tế tỉnh Lai Châu thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn khác theo phân cấp, ủy quyền của cấp có thẩm quyền và các văn bản pháp luật khác có liên quan.