Các hiệp định này một mặt mở rộng thị trường, đem lại lợi thế cạnh tranh cho hàng hóa xuất khẩu của Việt Nam, song cũng tiềm ẩn nhiều nguy cơ về những rào cản thương mại, trong đó nổi bật nhất là rào cản phòng vệ thương mại (PVTM). Đây là một công cụ hạn chế nhập khẩu được Tổ chức Thương mại Thế giới (WTO) và các FTA cho phép các thành viên sử dụng trong những điều kiện nhất định.
PVTM bao gồm 3 biện pháp chính, là chống bán phá giá, chống trợ cấp và tự vệ. Ngoài ra, các nước có thể áp dụng biện pháp chống lẩn tránh PVTM khi chứng minh được hàng hóa, nguyên liệu từ nước đang bị áp thuế được xuất khẩu, gia công thêm ở một nước thứ ba với giá trị gia tăng không đáng kể. Về cơ bản, nội dung PVTM trong các FTA đều dựa trên các hiệp định tương ứng trong khuôn khổ WTO. Đa số quy định về PVTM trong các FTA mà Việt Nam đã tham gia liên quan đến biện pháp tự vệ nội khối (chỉ áp dụng trong phạm vi các nước tham gia hiệp định) và yêu cầu minh bạch hóa khi áp dụng các biện pháp PVTM.
Các FTA thế hệ mới dự đoán sẽ tạo bước đột phá về thương mại, mang về thặng dư thương mại lớn trong năm 2022, tạo đà cho tăng trưởng cho các giai đoạn tiếp theo. Theo số liệu thống kê, kim ngạch xuất khẩu của Việt Nam sang các thị trường có FTA trong năm 2021 đều tăng trưởng trong bối cảnh đại dịch Covid-19, như: Trung Quốc tăng 15%, Liên minh châu Âu (EU) tăng 14%; Hàn Quốc tăng 15,8%, Ấn Độ tăng 21%, New Zealand tăng 42,5%... Trong khi đó, số liệu kim ngạch nhập khẩu hàng hóa vào Việt Nam năm 2021 ước đạt 332,25 tỷ USD, tăng 26,5% so với năm trước. Thực tiễn này cho thấy, Việt Nam đang tận dụng hiệu quả các FTA để gia tăng kim ngạch xuất khẩu, nhưng cũng gặp không ít áp lực, thách thức từ hàng nhập khẩu lên thị trường nội địa.
Chính vì vậy, để các ngành sản xuất trong nước chủ động sử dụng công cụ PVTM trong quá trình hội nhập, sau mỗi FTA thế hệ mới được ký kết, Bộ Công Thương đều ban hành Thông tư hướng dẫn cụ thể về quy trình, thủ tục áp dụng trên thực tế. Bộ Công Thương cũng phối hợp với các hiệp hội ngành hàng và các tỉnh, thành phố tổ chức đào tạo cho doanh nghiệp để tự tin trên con đường "ra biển lớn".
Theo thông tin từ Bộ Công Thương, đến nay đã khởi xướng điều tra, áp dụng 25 vụ việc PVTM, trong đó có 16 vụ việc chống bán phá giá, 1 vụ việc chống trợ cấp, 6 vụ việc tự vệ và 2 vụ việc chống lẩn tránh biện pháp PVTM. Điều này cho thấy Việt Nam đã và đang phát huy vai trò của các biện pháp PVTM như một công cụ để bảo đảm môi trường thương mại công bằng nhằm ngăn chặn tác động tiêu cực của hàng nhập khẩu đến sản xuất trong nước và lao động, việc làm, bảo đảm an ninh kinh tế và an sinh xã hội. Nhờ công cụ PVTM, nhiều doanh nghiệp thuộc một số ngành kinh tế đã cải thiện đáng kể tình hình sản xuất kinh doanh, thoát khỏi thua lỗ và từng bước ổn định sản xuất như đường mía, phân bón, sắt thép, sợi...
Ở chiều ngược lại, đã có hơn 200 vụ việc PVTM được điều tra, áp dụng đối với hàng hóa xuất khẩu của Việt Nam ra các nước trên thế giới. Tính từ đầu năm 2020 đến nay, dù hoạt động thương mại bị ảnh hưởng nặng nề bởi dịch Covid-19, nhưng số vụ khởi xướng điều tra liên quan đến PVTM tăng lên đáng kể (trung bình gần 20 vụ mỗi năm trong giai đoạn 2020 - 2022, so với mức bình quân 12 vụ/năm của thời kỳ 3 năm trước đó).
Với các công cụ PVTM được quy định tương đối chi tiết và đầy đủ trong cả các FTA thế hệ mới và trong hệ thống pháp luật về PVTM trong nước, Bộ Công Thương đã và đang tích cực, chủ động phát huy có hiệu quả công tác điều tra, áp dụng các biện pháp PVTM để bảo vệ nền sản xuất nội địa trước áp lực thực thi các cam kết cắt giảm thuế quan theo lộ trình, bảo đảm hiệu quả của quá trình hội nhập.