Theo kết quả điều tra ban đầu, trong thời gian giữ chức vụ Hiệu trưởng từ năm 2018 đến năm 2024, ông Trần Kim Quyên đã chỉ đạo Kế toán trưởng Nguyễn Thị Nguyên và Thủ quỹ Nguyễn Thị Huyền không hạch toán vào sổ sách tài chính kế toán nhiều khoản thu từ dịch vụ đào tạo và các hoạt động sự nghiệp khác của nhà trường, với tổng số tiền gần 5,5 tỷ đồng.

Trong đó, hơn 2,4 tỷ đồng đã bị sử dụng trái quy định pháp luật, phần lớn chi cho tiếp khách, tham quan, chúc Tết, phong bì cho thanh tra, nhà báo... và các khoản chi không đúng chế độ.

Hành vi vi phạm của ông Trần Kim Quyên và các thuộc cấp đã gây hậu quả nghiêm trọng, vi phạm nghiêm các quy định của Luật Kế toán, Luật Giáo dục nghề nghiệp, Luật Thuế giá trị gia tăng, ảnh hưởng đến uy tín, kỷ cương tài chính và hoạt động của một cơ sở giáo dục nghề nghiệp thuộc hệ thống công lập.

Trước đó, vào cuối tháng 4/2025, Cơ quan Cảnh sát Điều tra Công an tỉnh Phú Yên đã khởi tố, bắt tạm giam bà Nguyễn Thị Nguyên - Kế toán trưởng và bà Nguyễn Thị Huyền - Thủ quỹ (Trường Cao đẳng Công thương miền Trung) cùng về tội “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”.

Các Quyết định tố tụng đối với ông Trần Kim Quyên và hai bị can liên quan đã được Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Phú Yên phê chuẩn theo đúng quy định pháp luật.