Chương trình điều tra, đánh giá tổng thể nguồn lợi thủy sản và môi trường sống của loài thủy sản nhằm cung cấp thông tin dữ liệu, cơ sở khoa học phục vụ công tác quản lý, sử dụng nguồn lợi thuỷ sản bền vững.

Mục tiêu cụ thể của Chương trình là xác định được cơ sở khoa học về nguồn lợi thuỷ sản, nghề cá biển và môi trường sống của loài thuỷ sản ở biển để đề xuất giải pháp quy hoạch, quản lý, bảo vệ, khai thác, phát triển bền vững nguồn lợi thủy sản và nghề cá biển Việt Nam.

Đánh giá được tổng thể hiện trạng, biến động nguồn lợi và môi trường sống của loài thủy sản ở các vùng nước nội địa Việt Nam và đề xuất được giải pháp bảo vệ, khai thác và phát triển nghề cá nội địa hiệu quả, bền vững.

Cung cấp được thông tin, dữ liệu về đa dạng sinh học, nguồn lợi thuỷ sản trong các hệ sinh thái biển, ven biển, ven đảo điển hình (san hô, rừng ngập mặn, rừng phòng hộ, cỏ biển, rong biển, bãi bồi, cửa sông, đất ngập nước…) phục vụ việc thành lập, mở rộng và quản lý hiệu quả hệ thống khu bảo tồn biển, khu bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản, khu vực cấm khai thác thuỷ sản có thời hạn, khu cư trú nhân tạo của loài thuỷ sản và đề xuất các biện pháp, kế hoạch quản lý phù hợp.

Thông tin dự báo ngư trường khai thác thuỷ sản ở biển thường xuyên được cập nhật nhằm nâng cao chất lượng dự báo ngư trường và hiệu quả hoạt động của các đội tàu khai thác nguồn lợi thuỷ sản xa bờ Việt Nam.

Đồng thời, cung cấp cơ sở khoa học và thực tiễn để quy định danh mục nghề, ngư cụ cấm sử dụng khai thác thuỷ sản; danh mục các loài thuỷ sản nguy cấp, quý, hiếm; đường di cư tự nhiên của loài thuỷ sản; kích thước loài thuỷ sản được phép khai thác trong các thuỷ vực tự nhiên; xác định hạn ngạch khai thác thuỷ sản, sản lượng thuỷ sản cho phép khai thác theo loài, nhóm loài ở từng vùng biển phù hợp với trữ lượng nguồn lợi.

Các nhiệm vụ, dự án mà Chương trình ưu tiên triển khai gồm:

 Nhiệm vụ hoàn thiện cơ sở khoa học, định mức kinh tế kỹ thuật điều tra nguồn lợi và môi trường sống của các loài thủy sản;

 Dự án điều tra đánh giá nguồn lợi thuỷ sản và môi trường sống của loài thuỷ sản ở biển Việt Nam;

 Dự án điều tra nguồn lợi thủy sản và môi trường sống của loài thủy sản trong các hệ sinh thái biển điển hình ở vùng ven bờ, ven đảo, trong rừng đặc dụng, rừng phòng hộ, khu bảo tồn đất ngập nước;

Dự án điều tra nguồn lợi thủy sản và môi trường sống của các loài thủy sản ở vùng nội địa Việt Nam;

 Dự án điều tra, xác định tập tính di cư tự nhiên của các loài thủy sản ở biển, ven biển và các thủy vực nội địa Việt Nam;

 Nhiệm vụ hoàn thiện cơ sở dữ liệu quốc gia về nguồn lợi thủy sản và môi trường sống của các loài thủy sản.