Theo kết quả điều tra, Nam là đối tượng phản động, lợi dụng tôn giáo để hoạt động chống phá Đảng, Nhà nước trong thời gian vừa qua. Mặc dù đã được các cấp chính quyền và lực lượng Công an tuyên truyền, vận động, thuyết phục nhiều lần nhưng Nam không những không từ bỏ mà lại tiếp tục chống phá ngày càng quyết liệt hơn.
Năm 2021, sau khi chấp hành xong hình phạt tù trở về địa phương, Nam không chịu cải tạo, mà tiếp tục lợi dụng không gian mạng, tạo nhiều tài khoản mạng xã hội để đăng tải, tán phát nhiều tài liệu, hình ảnh, Video Clip, thậm chí Livestream để tuyên truyền, chống phá Đảng, Nhà nước, chính quyền địa phương; gây chia rẽ, phá hoại chính sách đoàn kết tôn giáo, dân tộc; xúc phạm danh dự, nhân phẩm nhiều đồng chí lãnh đạo cấp cao của Đảng và Nhà nước...
Sau một thời gian tích cực điều tra, xác minh, ngày 24/7/2023, Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh An Giang đã ra Quyết định khởi tố bị can, lệnh bắt bị can để tạm giam và Lệnh khám xét chổ ở của Nam để điều tra về hành vi “Phát tán, tuyên truyền thông tin, tài liệu nhằm chống Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam” theo quy định tại Điều 117 Bộ luật Hình sự. Các Quyết định và Lệnh trên đã được Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh phê chuẩn.
Tiến hành khám xét nơi ở của Nguyễn Hoàng Nam, phát hiện thu giữ 7 điện thoại di động, 2 USB, 1 Laptop, 307 trang tài liệu và 10 Video Clip có nội dung tuyên truyền chống Đảng, Nhà nước và nhiều đồ vật, tài liệu khác có liên quan. Hiện vụ án đang được Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh An Giang tiếp tục điều tra, xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật.